Apolitique et non confessionnel, le mouvement des Apel soutient néanmoins le caractère propre de l’Enseignement catholique, comme il l’affirme dans son projet. Au sein des établissements, les responsables Apel peuvent donc être amenés à œuvrer au service de la pastorale. C’est pour les y aider qu’a été mis en place, au niveau national, un réseau d’animation pastorale.